Fatture elettroniche alla Pubblica Amministrazione: attenzione in caso di rifiuto

Vicenza, 14/09/2026

Si segnala ai contribuenti che emettono fatture elettroniche nei confronti della Pubblica Amministrazione che il rifiuto della fattura da parte dell'ente destinatario non equivale allo scarto da parte del Sistema di Interscambio (SdI).

La distinzione è importante perché produce conseguenze fiscali differenti.

Se una fattura viene scartata dallo SdI, il documento si considera non emesso e deve essere corretto e nuovamente trasmesso.

Diversamente, quando la fattura ha superato i controlli dello SdI, è stata regolarmente consegnata alla Pubblica Amministrazione e viene successivamente rifiutata dall'ente, la fattura deve considerarsi fiscalmente emessa. Il rifiuto della PA non determina quindi automaticamente l'annullamento del documento. Tale principio è stato espressamente affermato dall'Agenzia delle Entrate con il Principio di diritto n. 17/2020.

Cosa fare se la PA rifiuta la fattura

In presenza di una fattura rifiutata non è opportuno cancellare autonomamente il documento dalla contabilità né considerarlo come mai emesso.

Occorre innanzitutto verificare la motivazione del rifiuto e la notifica ricevuta tramite il Sistema di Interscambio, individuando quindi la corretta modalità di regolarizzazione.

A seconda della situazione, potrà rendersi necessaria l'emissione di una nota di credito a storno della fattura originaria e la successiva emissione di una nuova fattura corretta.

Si ricorda inoltre che la Pubblica Amministrazione non può rifiutare liberamente le fatture ricevute: il D.M. n. 132/2020 individua specifiche cause che consentono il rifiuto, tra le quali rientrano, ad esempio, l'errata indicazione di CIG o CUP nei casi in cui tali dati siano obbligatori.

In sintesi: scarto da parte dello SdI (sistema interscambio) significa fattura non emessa; rifiuto della PA dopo la consegna allo SdI della fattura significa fattura fiscalmente emessa.

Pertanto, in caso di rifiuto di una fattura elettronica da parte di una Pubblica Amministrazione, si raccomanda di non procedere autonomamente alla cancellazione o alla riemissione del documento, ma di verificare preventivamente la corretta procedura da adottare.

Approfondimenti e chiarimenti

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